古老中國的前進(jìn)道路總是崎嶇坎坷，步履維艱?！跺h(huán)志略》問世后，在國中難以流行，在日本卻被一再翻刻，普及至一般讀書人之中，于其明治維新，大有助焉。后來，隨著洋務(wù)運(yùn)動(dòng)的興起，《瀛環(huán)志略》在國內(nèi)的地位開始提升，總理衙門重印《瀛環(huán)志略》，“中外（指京師與地方，筆者注）奉為指南”。徐繼畬境遇亦有所變化。 

同治三年（1864年），在罷職12年后，徐繼畬以三品京堂供職于總理衙門，負(fù)責(zé)協(xié)辦清廷外交事務(wù)。為表達(dá)對徐繼畬的崇敬，1867年10月21日，美國第十七任總統(tǒng)安德魯·約翰遜和國務(wù)卿西沃德，特請著名畫家普拉特摹制斯圖爾特所畫華盛頓肖像一幅，由駐華公使蒲安臣［（Anson Burlingame，1820—1870），美國著名律師、政治家和外交家，著名廢奴主義者］代表美國政府贈(zèng)送徐繼畬，并舉行了隆重的贈(zèng)予儀式。蒲安臣公使熱情洋溢地致辭曰：“華盛頓‘與中國人民一樣，堅(jiān)信世界上每個(gè)人都能呼吸自由的空氣；與中國人民一樣，堅(jiān)持孔子在2300年前就提出的一個(gè)原則：己所不欲，勿施于人。’”對孔子這位世界級(jí)思想家充滿仰慕之情。同時(shí)對繼畬表示了由衷的敬意，他談道：“蓋為我國之民所敬仰而深慕者，獨(dú)有兄臺(tái)一人而已！”徐繼畬答辭稱：“因思貴國中華盛頓首建奇勛，創(chuàng)為世法，以成繼往開來之功，其必傳于世無疑也！”一如既往地贊美美國的制度創(chuàng)新，并預(yù)言民主制度以其適應(yīng)性和生命力，必將大行于世界。1868年3月29日，美國《紐約時(shí)報(bào)》在第十版對此作了專門報(bào)道，盛贊徐繼畬是一位“勇于探索真理的科學(xué)家”。毫無疑問，此類中美之間早期文化交流，加深了彼此間的了解，促進(jìn)了兩國關(guān)系的發(fā)展，也成為中美尋求相互理解、促進(jìn)友好的里程碑式的事件。

為此，繼畬處境又有好轉(zhuǎn)。同治五年（1866年）六月，補(bǔ)授太仆寺卿。翌年正月，繼畬任總管同文館事務(wù)大臣，即中國現(xiàn)代意義上的第一所高等學(xué)校首任校長。于中國近現(xiàn)代高等教育的初創(chuàng)期，繼畬不辭辛勞，篳路藍(lán)縷，與總署王大臣推出一系列激進(jìn)的同文館改革計(jì)劃，但因倭仁等守舊派拼死阻撓而屢屢受挫，每日歔欷而不自得。同治七年（1868年），繼畬為美國新教傳教士、同文館教習(xí)丁韙良所編中國第一部系統(tǒng)自然科學(xué)聲光電化著作《格物入門》作序。翌年二月，繼畬以老病乞休，奉旨以二品頂戴致仕。同治十二年（1873年），正值繼畬中舉六十周年，恩旨準(zhǔn)其重赴“鹿鳴宴”，以惠耆年，并賞給頭品頂戴。同年卒。美國學(xué)者稱其為“世界公民”，而他自己仍能清醒地意識(shí)到自己畢竟是大清奴才，處世為謹(jǐn)，幸得善終。