當(dāng)時(shí)之東北，處于日俄兩豺狼交攻之下，情勢(shì)危急。世昌上任前，便與時(shí)任北洋大臣的袁世凱商定外交方針，一則“以保衛(wèi)主權(quán)為第一急務(wù)”；二則“在具體交涉時(shí)，為在主要問(wèn)題上達(dá)到目的，在次要問(wèn)題上可作適當(dāng)讓步，以求復(fù)得”。世昌在與日本交涉過(guò)程中，對(duì)其明目張膽的侵略行徑予以堅(jiān)決反擊，“必示人以不可攻，而后人不攻；必示人以不可欺，然后人不欺”。在衛(wèi)護(hù)領(lǐng)土主權(quán)等原則問(wèn)題上據(jù)理力爭(zhēng)，寸土不讓。世昌任用與日交涉“著為功勞”的吳祿貞為“解決界務(wù)問(wèn)題督辦”，有效地遏制了日本蠶食中國(guó)邊境領(lǐng)土的陰謀及“滿州政策”的推行。一次，日人在圖門(mén)至六道溝九十余里釘立木樁，暗將我國(guó)領(lǐng)土劃入朝鮮國(guó)界（當(dāng)時(shí)朝鮮為日侵占），世昌急令吳祿貞帶人連夜拔去，并記上華名里數(shù)，釘立標(biāo)識(shí)，使日人目瞪口呆。世昌在與沙俄之針?shù)h相對(duì)的博弈中，同樣取得了“已無(wú)余憾，為之欣慰”之結(jié)果。世昌所行新政，使原本落后的東北地區(qū)后來(lái)居上，開(kāi)改良之先河，在推進(jìn)全國(guó)近代化進(jìn)程方面，確實(shí)功莫大焉。

光緒三十四年（1908年）慈禧太后與光緒帝相繼去世，滿族親貴掌政。宣統(tǒng)時(shí)，由于袁世凱樹(shù)大招風(fēng)，且難避戊戌變法時(shí)出賣(mài)光緒帝和維新志士之嫌疑，故而被奪職養(yǎng)疴。而世昌竟得以保全，并升任協(xié)辦大學(xué)士、體仁閣大學(xué)士。不僅如此，他還在后來(lái)的皇族內(nèi)閣中擔(dān)任僅有的兩個(gè)協(xié)理大臣(相當(dāng)于副總理)中的一個(gè)，在此內(nèi)閣中，漢人僅得四席，世昌是地位最高者。宣統(tǒng)三年（1911年）5月，清廷設(shè)皇族內(nèi)閣，世昌仍留任協(xié)理大臣。武昌事發(fā)，清廷搖搖欲墜，而以世昌之出身、才干與聲望，世昌若屬激流勇進(jìn)之輩，完全可以統(tǒng)兵與南方周旋。路人皆知，清廷信任世昌遠(yuǎn)遠(yuǎn)超過(guò)世凱，且世昌在北洋諸將中亦有威望，只要袁不得出，必唯世昌之謀是用；然而，世昌卻甘愿將千載良機(jī)拱手讓人，非不能也，是不為也。在世昌看來(lái)，由自己逼退清帝，是不忠也；撇開(kāi)世凱，是不義也；知而為之，是不智也。所以，世昌力保世凱出山，對(duì)其東山再起，居功至偉。世凱組織責(zé)任內(nèi)閣，世昌改任軍諮大臣、加太保銜?？芍^位及人臣者也。