當(dāng)時之東北，處于日俄兩豺狼交攻之下，情勢危急。世昌上任前，便與時任北洋大臣的袁世凱商定外交方針，一則“以保衛(wèi)主權(quán)為第一急務(wù)”；二則“在具體交涉時，為在主要問題上達(dá)到目的，在次要問題上可作適當(dāng)讓步，以求復(fù)得”。世昌在與日本交涉過程中，對其明目張膽的侵略行徑予以堅(jiān)決反擊，“必示人以不可攻，而后人不攻；必示人以不可欺，然后人不欺”。在衛(wèi)護(hù)領(lǐng)土主權(quán)等原則問題上據(jù)理力爭，寸土不讓。世昌任用與日交涉“著為功勞”的吳祿貞為“解決界務(wù)問題督辦”，有效地遏制了日本蠶食中國邊境領(lǐng)土的陰謀及“滿州政策”的推行。一次，日人在圖門至六道溝九十余里釘立木樁，暗將我國領(lǐng)土劃入朝鮮國界（當(dāng)時朝鮮為日侵占），世昌急令吳祿貞帶人連夜拔去，并記上華名里數(shù)，釘立標(biāo)識，使日人目瞪口呆。世昌在與沙俄之針鋒相對的博弈中，同樣取得了“已無余憾，為之欣慰”之結(jié)果。世昌所行新政，使原本落后的東北地區(qū)后來居上，開改良之先河，在推進(jìn)全國近代化進(jìn)程方面，確實(shí)功莫大焉。

光緒三十四年（1908年）慈禧太后與光緒帝相繼去世，滿族親貴掌政。宣統(tǒng)時，由于袁世凱樹大招風(fēng)，且難避戊戌變法時出賣光緒帝和維新志士之嫌疑，故而被奪職養(yǎng)疴。而世昌竟得以保全，并升任協(xié)辦大學(xué)士、體仁閣大學(xué)士。不僅如此，他還在后來的皇族內(nèi)閣中擔(dān)任僅有的兩個協(xié)理大臣(相當(dāng)于副總理)中的一個，在此內(nèi)閣中，漢人僅得四席，世昌是地位最高者。宣統(tǒng)三年（1911年）5月，清廷設(shè)皇族內(nèi)閣，世昌仍留任協(xié)理大臣。武昌事發(fā)，清廷搖搖欲墜，而以世昌之出身、才干與聲望，世昌若屬激流勇進(jìn)之輩，完全可以統(tǒng)兵與南方周旋。路人皆知，清廷信任世昌遠(yuǎn)遠(yuǎn)超過世凱，且世昌在北洋諸將中亦有威望，只要袁不得出，必唯世昌之謀是用；然而，世昌卻甘愿將千載良機(jī)拱手讓人，非不能也，是不為也。在世昌看來，由自己逼退清帝，是不忠也；撇開世凱，是不義也；知而為之，是不智也。所以，世昌力保世凱出山，對其東山再起，居功至偉。世凱組織責(zé)任內(nèi)閣，世昌改任軍諮大臣、加太保銜?？芍^位及人臣者也。